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安徽中醫藥高等專科學校前身是始建于1960年的“蕪湖市中醫學校”。2001年，學校獨立升格并于次年經教育部批準，在全國同類院校率先更名為“安徽中醫藥高等專科學校”。為整合衛生教育資源，壯大學校實力，2006年，市政府將蕪湖市中醫醫院成建制劃歸學校作為直屬附屬醫院;2012年，附屬市牙病防治所成功創建附屬口腔醫院(蕪湖市口腔醫院)。經過50多年的建設與發展，學校已經成為具有鮮明中醫藥特色的地方性高等院校，2010年，學校成功創建了“安徽省示范性高等職業院校”;2015年，學校在省級示范性高職院校項目驗收和人才培養工作個性化評估中獲得“優秀”等次。
學校現為教育部中醫藥職業教育教學指導委員會副主任委員單位、全國中醫藥職業技術教育學會理事長單位、中華中醫藥學會治未病分會副主任委員單位、世界中醫藥學會聯合會亞健康專業委員會、藥膳食療研究專業委員會副會長單位、安徽省中醫藥現代化研究會理事長單位。
學校占地面積997畝，總建筑面積29.7萬平方米，現有醫療系、藥學系、康復保健系、護理系、口腔醫學系及基礎教學部、思想政治理論課教學研究部等教學系部，開辦中醫學、中醫骨傷、針灸推拿、中藥學、藥學、護理、中醫健康管理、中醫養生保健(含中醫養生旅游方向)、醫療美容技術、口腔技術、康復治療技術等29個專科專業及專業方向，學校現有專任教師553人，其中，副高以上專業技術人員192人，具有研究生學歷人員246人，省級優秀教師3人，學校還聘任國醫大師李濟仁、長江學者葉文才為特聘教授、客座教授。
學校下轄2所直屬附屬醫院、1個安徽中藥資源研究所、1個天然藥用植物園和9所非直屬附屬醫院及穩定的實習基地120家。學校附屬中醫醫院(蕪湖市中醫醫院)創立于1958年，在中醫界素有“江南中醫一枝花”的美譽，為“全國首批示范中醫院”、“國家三級甲等中醫醫院”，醫院擁有4個國家級重點專科，6個省級重點專科, 7個市級重點專科，1個省級重點專病，國家級名老中醫工作室4個，省級名老中醫工作室4個。
學校現有中央財政支持實訓基地1個，中央財政支持提升專業服務產業發展能力項目2個，省級特色專業、骨干專業、示范專業、專業綜合改革試點項目15個，省級精品課程、精品開放課程16門，省級示范實驗實訓中心、創新實驗區、校企合作實踐教育基地、校企共建生產性實訓基地12個，省級教學團隊7個，省級教學名師、教壇新秀、優秀教學管理工作者24人，省級卓越技能型人才計劃2項，省級示范實習實訓中心1個、省級實習實訓基地1個。
近年來，學校共承擔了各類科學研究項目97 項，其中市廳級以上科研項目49 項，獲得7項國家授權專利;公開發表學術論文248篇，其中核心期刊類論文37篇。承擔各級各類教學研究項目105項，其中省級以上63項;獲各級獲得各級各類教學成果獎57項，其中省級25項。近五年，學校教師主編教材58部，其中2部教材入選教育部普通高等教育精品教材。2013年，學校共有15名主編、23名副主編參與第三輪全國中醫藥高職高專國家衛計委規劃教材編寫、修訂。學校主辦的《現代中藥研究與實踐》為中國科技核心期刊，是我國中藥研究領域的重要學術期刊之一。
建校50余年來，特別是升格近15年來，學校秉承“厚德、博學、濟世、日新”的校訓，堅持“以人為本、尚德重技，創新服務，特色發展”的辦學理念，在中醫藥專業建設、應用型人才培養、中醫藥對外交流、中醫藥健康產業研發以及服務地方經濟和社會發展等方面，形成了獨特的優勢，為國家培養了5萬余名中醫藥應用型人才。當前，學校正進一步解放思想，同心同德，搶抓機遇，科學發展，努力提高人才培養質量和提升辦學層次。