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學校創建于1956年，由上海第一醫學院（現復旦大學上海醫學院）分遷來渝組建，原名重慶醫學院，1985年更名為重慶醫科大學。學校是國務院學位委員會批準的首批具有博士和碩士學位授予權的單位，是教育部批準的首批來華留學示范基地。學校2015年成為重慶市人民政府、國家衛生健康委員會（原國家衛生計生委）和教育部共建高校，2016年成為“高等學校學科創新引智計劃”（“111計劃”）首批立項的地方高校之一。
學校由位于渝中區的袁家崗校區和位于重慶大學城的縉云校區組成，校園總面積2650畝，其中縉云校區占地2100畝。校園環境優美，風景如畫。
現有全日制在校學生25367人，其中博士、碩士研究生5961人，本科生18436人，留學生664人。學校具有招收博士后研究人員，港澳臺學生和外國留學生資格。學校現有7個一級學科博士學位授權點、12個一級學科碩士學位授權點，3個博士專業學位授權點、10個碩士專業學位授權點；4個國家重點學科，6個進入ESI全球前1%的學科（2020年3月，科睿唯安發布），4個重慶市一流學科，12個重慶市“十三五”市級重點學科。在教育部學位中心第四輪學科評估中，臨床醫學等學科排名全國前列。
學校設有21個學院（系），并設立研究生院。開設36個本科專業。現有有國家一流本科專業建設點8個，重慶市一流本科專業建設點18個。臨床醫學專業已通過臨床醫學國際專業認證，口腔醫學、護理學專業已通過教育部專業認證。現擁有1個國家臨床教學培訓示范中心，4個國家級實驗教學示范中心，4門國家級精品資源共享課、3門國家級精品視頻公開課。學校現有各類教師4500人（含臨床教師3500人）。其中，中國工程院院士（外聘）、國家“千人計劃”專家、 國家“萬人計劃”專家、“973”首席科學家、百千萬人才工程國家級人選，“國家杰出青年科學基金”獲得者、“國家優秀青年科學基金”獲得者、國家有突出貢獻的中青年專家、“長江學者獎勵計劃”、全國名中醫等國家級高層次人才近50人；省部級有突出貢獻中青年專家、重慶英才、重慶市首席專家工作室領銜專家、學術技術帶頭人等省部級人才400余人。
學校現有國家級、省部級研究平臺44個。其中，國家重點實驗室、國家工程研究中心、國家臨床醫學研究中心、國家生物產業基地實驗動物中心、國家級國際科技合作基地等國家級平臺5個；教育部重點實驗室國際合作聯合實驗室、省部共建協同創新中心，以及國家衛健委重點實驗室等國家部委級平臺個6個；省級重點實驗室、工程（技術）研究中心、國際科技合作基地、臨床醫學研究中心、人文社科基地等省級平臺33個。另有7個國家級博士后科研流動站，以及省級“海外高層次人才創新創業基地”和“院士專家工作站”。學校積極開展國內外交流合作。與歐洲、亞洲、北美洲、大洋洲的20個國家和地區的44所教育或醫療衛生機構建立了合作關系，其中包括美國達特茅斯學院、加拿大不列顛哥倫比亞大學、英國倫敦大學學院等國際名校；與英國萊斯特大學中外合作辦學項目已正式啟動，是我國西部地區唯一獲批的臨床醫學中外合作辦學項目，也是全國4個臨床醫學本科中外合作辦學項目之一；同時，與復旦大學、西南大學等“雙一流”建設高校開展長學制醫學生的聯合培養。
學校現有直屬附屬醫院9所（綜合性醫院5所，兒童醫院、口腔醫院、康復醫院、中醫院各1所）。附屬第一醫院、附屬兒童醫院、附屬第二醫院連續8年入選“中國最佳醫院排行榜”百強（復旦大學醫院管理研究所發布），2018年分別排名第59位、第67位、第98位。各直屬附屬醫院共擁有國家臨床重點專科28個，編制床位11000余張，年門診量1035萬人次，年收治住院病人40萬人次。此外，學校還有23所非直屬附屬醫院和24所教學醫院，分布在重慶、成都、西安、深圳等地。