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北京大學創辦于1898年，是戊戌變法的產物，也是中華民族救亡圖存、興學圖強的結果，初名京師大學堂，是中國近現代第一所國立綜合性大學，辛亥革命后，于1912年改為現名。
在悠久的文明歷程中，古代中國曾創立太學、國子學、國子監等國家最高學府，在中國和世界教育史上具有重要影響。北京大學“上承太學正統，下立大學祖庭”，既是中華文脈和教育傳統的傳承者，也標志著中國現代高等教育的開端。其創辦之初也是國家最高教育行政機關，對建立中國現代學制作出重要歷史貢獻。
作為新文化運動的中心和五四運動的策源地，作為中國最早傳播馬克思主義和民主科學思想的發祥地，作為中國共產黨最初的重要活動基地，北京大學為民族的振興和解放、國家的建設和發展、社會的文明和進步做出了突出貢獻，在中國走向現代化的進程中起到了重要的先鋒作用。愛國、進步、民主、科學的精神和勤奮、嚴謹、求實、創新的學風在這里生生不息、代代相傳。
1917年，著名教育家蔡元培就任北京大學校長，他“循思想自由原則，取兼容并包主義”，對北京大學進行了卓有成效的改革，促進了思想解放和學術繁榮。陳獨秀、李大釗、毛澤東以及魯迅、胡適、李四光等一批杰出人士都曾在北京大學任教或任職。
1937年盧溝橋事變后，北京大學與清華大學、南開大學南遷長沙，共同組成國立長沙臨時大學。1938年，臨時大學又西遷昆明，更名為國立西南聯合大學?？谷諔馉巹倮螅本┐髮W于1946年10月在北平復員。
中華人民共和國成立后，全國高校于1952年進行院系調整，北京大學成為一所以文理基礎教學和研究為主、兼有前沿應用學科的綜合性大學，為社會主義建設事業培養了大批杰出人才，在23位“兩彈一星”元勛中有12位北大校友。
改革開放以來，北京大學進入了穩步快速發展的新時期，于1994年成為國家“211工程”首批重點建設大學。1998年5月4日，在慶祝北京大學建校一百周年大會上，黨中央發出了“為了實現現代化，我國要有若干所具有世界先進水平的一流大學”的號召，之后啟動了建設世界一流大學的“985工程”。在這一國家戰略的支持和推動下，北京大學的發展翻開了新的一頁。
2000年4月3日，北京大學與原北京醫科大學合并，組建了新的北京大學。原北京醫科大學的前身是創建于1912年10月26日的國立北京醫學專門學校， 1903年京師大學堂設立的醫學實業館為這所國立西醫學校的誕生奠定了基礎。20世紀三、四十年代，學校一度名為北平大學醫學院，并于1946年7月并入北京大學。1952年在全國高校院系調整中，北京大學醫學院脫離北京大學，獨立為北京醫學院。1985年更名為北京醫科大學，1996年成為國家首批“211工程”重點支持的醫科大學。兩校合并進一步拓寬了北京大學的學科結構，為促進醫學與理科、工科以及人文社會科學的交叉融合，改革創新醫學教育奠定了基礎。
黨的十八大以來，在以習近平同志為核心的黨中央堅強領導下，北大加快推進高質量內涵式發展，在建設中國特色世界一流大學的新征程上取得新突破。2018年5月2日，習近平總書記到北大考察，并在北大師生座談會上指出：“近年來，北大繼承光榮傳統，堅持社會主義辦學方向，立德樹人成果豐碩，雙一流建設成效顯著，服務經濟社會發展成績突出，學校發展思路清晰，辦學實力和影響力顯著增強，令人欣慰。”在習近平總書記的勉勵和指引下，北京大學再接再厲、接續奮斗，堅持當好培養高素質拔尖創新人才的搖籃、創造前沿科技和先進思想文化的重要陣地、服務國家高質量發展的樞紐平臺、推動高水平對外開放的橋梁紐帶，在新征程上不斷譜寫建設中國特色世界一流大學的嶄新篇章。
現任校黨委書記郝平、校長龔旗煌。