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成果描述：項目針對豬雞病原菌耐藥性導致細菌病難防控、用藥量大、產品藥殘的關鍵技術難題，取得了重大理論和方法創新成果。 項目揭示了我國近12年豬雞病原細菌耐藥性變化規律，建立菌種庫和耐藥數據庫，創立了5種細菌耐藥基因分子檢測新方法；改進了7種動物專用抗生素及其制劑的生產工藝和質量；創制了非生素免疫增強劑4種。獲國家2類新獸證書6個，3類2個。獲國家發明專利12項，實用新型專利1項。主編參編專著6部，發表論文123篇，包括本專業權威SCI論文AAC(IF:4.672)，JAC(IF:4.659)等35篇。成果應用使豬雞抗生素用量減少30%-70%，細菌病降低50%，節省用藥成本30%，為有效控制豬雞細菌感染及耐藥，減少抗生素使用，保障公共衛生和食品安全提供了新的理論和技術。市場前景分析：應用領域：本項目的應用領域主要為獸藥、疫苗生產企業以及大中型豬雞養殖生產企業?？晒餐髽I合作開發新型獸藥、生物制品等，同時也可為大中型豬雞養殖生產企業提供技術支撐，有效降低抗生素的使用，保障產品安全，打造高品質放心品牌。市場需求：豬雞細菌性疾病嚴重危害公共衛生和食品安全，如豬鏈球菌、豬雞沙門氏菌引起人感染發病的公共衛生事件。在規模化養殖條件下，細菌性疾病呈多發趨勢如大腸桿菌等，畜禽因細菌性疾病致死或生產性能下降等造成全國年直接經濟損失400億元（畜牧業年鑒2010）。病原細菌產生耐藥性是致細菌疾病難控治、用藥量大（每年畜禽抗生素原料藥用量多達10萬噸）、產品藥殘高的關鍵技術難題，如近年來出現耐多種抗生素的結核桿菌、金黃葡萄球菌、大腸桿菌等“超級耐藥菌”，引起了極大關注。本項目通過產學研結合12年聯合攻關，創立了細菌耐藥基因的分子檢測新方法，揭示了細菌耐藥性變化規律，創新了耐藥性控制理論和應用技術，并在安全高效新獸藥研發中得到廣泛應用（圖1），可為保障我國豬雞養殖健康、公共衛生和產品安全提供了有力的科技支撐，其市場需求極大。與同類成果相比的優勢分析：“該項目已在國內多個省市規模化豬場，雞場、示范區、飼料廠、獸藥廠等進行了推廣應用，成果應用效益顯著。研究成果豐富了病原菌耐藥基因的基礎理論研究，為病原菌的耐藥性分子檢測和監測提供了新的技術手段，項目選題技術路線合理，研究手段先進，數據可靠，結果可信，具有先進性、創新性和實用性的特點。其成果總體水平居國內領先、國際先進，部分成果處于國際領先水平”。

南京郵電大學理學院曾紅麗副教授與合作者在新型冠狀病毒SARS-CoV-2基因序列分析方面取得重要進展，預測了該病毒在自然選擇過程中的適應性，指出并分析了該病毒在演化過程中存在的弱點，分析了相應綜合醫藥開發應注意的關鍵基因位點。該成果以南京郵電大學為第一完成單位，于2020年11月17日在線發表于國際權威期刊美國國家科學院院刊（PNAS）上。 COVID-19疫情是由β-冠狀病毒SARS-CoV-2引起的全球性公共衛生突發事件。各類數據庫搜集了大量的且不斷增加的高質量全基因組序列。本工作利用這些序列，研究其是否顯示出病毒演化過程中上位性對適應性的影響。在具有高重組率的種群演化中，本工作創新性地發展和應用了統計物理學中的反Potts模型，來檢測自然選擇過程中的上位性影響。該工作為利用大量基因組序列來獲取具有高重組率的病原體在演化過程中的弱點開辟了廣闊前景。 該研究工作最終將新型冠狀病毒的大約3萬個基因位點濃縮為存在顯著相互影響的8對基因位點（ORF3a和nsp2，nsp12和nsp6，ORF8和nsp4，以及基因nsp2，nsp13和nsp14），為尋找病毒病原體結合和重組過程中存在的弱點帶來了希望，對開發臨床治療的綜合靶向藥物、研究病毒進入宿主后的發病機制有著很強的生物醫學指導意義。 和其他許多疾病一樣，針對COVID-19的潛在藥物靶標的組合數量非常多。本研究工作不僅提供了哪些基因位點之間存在相互影響，并可以對其進行排名，從而進行更進一步詳細研究。結合隨機性檢驗，該研究工作最終預測了存在顯著上位性的8對基因位點中，有3對涉及到與新冠肺炎的重癥密切相關的病毒基因ORF3a。遺憾的是，目前關于針對ORF3a基因的臨床靶向藥物的報道還較為罕見，值得醫藥學研究人員在該方面加強研究。另外，本研究工作中預測的8對基因位點可作為實驗生物學的原假設，以供生物學研究人員在此基礎上設置相關微生物實驗，研究新冠病毒進入人體后引起發病的機理。 此項研究工作由南京郵電大學與意大利的里雅斯特大學、古巴哈瓦那大學、瑞典哥德堡大學及瑞典皇家理工大學合作完成。曾紅麗副教授的研究工作受到國家自然科學基金委（基金號11705097）、江蘇省科學技術廳（基金號BK20170895）以及江蘇省政府留學獎學金的大力支持。