本發明公開了一種水稻側根控制基因OsIAA11編碼的蛋白質,其具有SEQ?ID?NO:2所示的氨基酸序列。本發明還同時公開了編碼上述蛋白質的基因,該基因具有SEQ?ID?NO:1所示的核苷酸序列。本發明的基因能用于構建具有水稻側根控制功能的轉基因水稻。由于側根的正常發生發育對維持水稻生長發育以及高產穩產是必不可少的,而且該基因僅影響側根發生發育,因此在分子育種中存在較大的應用潛力。