菊粉內切酶是能夠使菊科植物菊芋或菊苣所含多糖(-鍵連接的聚果糖)在糖鏈內部隨機降解,生產低聚果糖的生物酶。低聚果糖具有增殖腸道雙歧桿菌、排除體內有害物質、增強免疫力、降低膽固醇、預防結腸癌、抗衰老等多種生理功能,作為保健品具有巨大的市場。目前亞洲國家和地區,如中、日、韓、臺灣等,都是以蔗糖為原料利用果糖基轉移酶合成的(合成法)。產品純度低、工藝復雜、成本高,需要色譜分離才能得到純度高的產品。菊芋或菊苣產量高、種植成本低、富含菊糖(-鍵連接的聚果糖)。