本發明公開了一種雙層磨損均衡方法及系統,適用于相變存儲器內存。該方法具體為:外層負責整個內存存儲區域邏輯地址到中間地址的映射,通過增加密鑰的復雜度,可以在惡意程序探測出完整的密鑰前變換密鑰;內層負責在每個子區域內使用獨立的代數磨損均衡方法,在低開銷的情況下達到區域內的磨損均衡,解決由于相變存儲器存在復位和置位操作的延時差別而泄露磨損均衡算法的密鑰,降低內存系統安全性的問題。