本發明提供了棘孢木霉TD3104及其在制備抑制植物病原菌的菌劑中的應用。所述棘孢木霉菌TD3104的保藏編號是CGMCC 13161。本發明提供了所述棘孢木霉菌在防治煙草、蘋果植物病原菌中的應用。本發明提供的拮抗菌能有效抑制煙草黑脛病菌、煙草青枯病菌、立枯絲核菌、煙草根腐病病原菌鐮刀菌、煙草赤星病和蘋果腐爛病、蘋果輪紋病的病原菌生長,可以有效防治相關病害,并且可以減少化學農藥的用量及其土