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2020年3月3日，浙江大學在bioRxiv 預印本平臺上傳了題為Multi-epitopevaccine design using an immunoinformaticsapproach for 2019 novelcoronavirus in China (SARS-CoV-2)的研究成果。該研究基于可用病毒基因組數據進行計算機模擬，以鑒定B細胞抗原決定簇和人白細胞抗原HLA限制性T細胞抗原決定簇。在鑒定出的61個B細胞表位中19個具有較高潛在的免疫原性，可用于疫苗設計。預測有499個T細胞表位和中國人群中34個較普遍的HLA等位基因具有親和力。點擊查看原文

2020年3月8日，福建師范大學在bioRxiv上上傳了一篇題為 Cryo-electron microscopy structure of the SADS-CoV spike glycoprotein provides insights into an evolution of unique coronavirus spike proteins 的研究，識別了SARS-CoV-2的S蛋白的低溫-EM的融合前結構，分辨率為3.55埃。

2020年2月12日，武漢大學張元珍，侯煒及北京大學楊慧霞共同通訊在國際頂級醫學期刊Lancet 在線發表題為“Clinical characteristics and intrauterine vertical transmission potential of COVID-19 infection in nine pregnant women: a retrospective review of medical records”的研究成果，該研究成果回顧性分析了9名孕婦在實驗室確認的COVID-19肺炎（即，孕婦咽拭子樣本中檢出的嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2 [SARS-CoV-2]為陽性）的臨床記錄，實驗室結果和胸部CT掃描 ），于2020年1月20日至1月31日在武漢大學中南醫院收治。通過檢測羊水，臍帶血中SARS-CoV-2的存在來評估宮內垂直傳播的證據。 該研究表明在孕婦中COVID-19肺炎的臨床特征與發生COVID-19肺炎的非妊娠成年患者的報道相似。從這一小組病例中發現的研究結果表明，目前尚無證據表明妊娠晚期發生COVID-19肺炎的婦女由垂直傳播引起的宮內感染。

2020年3月5日，浙江大學、中山大學和圣路易斯大學合作，在medRxiv上上傳了題為Genomic variations of SARS-CoV-2 suggest multiple outbreak sources of transmission 的研究成果成果，共分析了169個SARS-CoV-2基因組，發現根據突變位點（以MN938384.1為基準點的8750,、28112和 29063三個位點）主要可以分為兩個類型，I型和II型。在29063位點的基礎上，I型可以進一步分為IA 型和 IB 型。遺傳學分析表明，IA型最可能是祖先型，II型可能由I型進化而來，在感染中占主導地位。結果表明，II型可能是SARS-CoV-2在武漢華南市場疫情的源頭，而I型引起的疫情應該發生在其他地方，因為患者與市場沒有直接聯系。此外，通過分析三個基因組位點，區分I型和II型毒株，作者發現三個位點中的兩個位點的同義變化比I型毒株具有更高的蛋白質轉化效率，這或許可以解釋為什么II型占主導地位，這意味著II型比I型更具傳染性（可傳播）。這些發現對目前的流行病預防和控制可能很有價值。點擊查看原文

2020年3月5日，東北師范大學在bioRxiv上上傳了一篇Strong evolutionary convergence of receptor-binding protein spike between COVID-19 and SARS-related coronaviruses的研究，該研究發現SARS-CoV-2和SARS-CoV存在遠緣關系，但兩者都能夠通過同一受體ACE2感染人類宿主，并引起相似的臨床和病理特征，表明S蛋白可能存在趨同進化。然而，其趨同的分子基礎仍不得而知。本研究中使用最近開發的分子植物生態學方法來研究趨同的分子基礎。分析表明，S蛋白在SARS-CoV-2和SARS-CoV相關分支沿線經歷了大量有意義的達爾文選擇。進一步研究顯示，SARS-CoV-2和SARSr-CoV類之間S蛋白的受體結合域（RBD）中趨同進化的氨基酸位點比例異常高，導致RBD序列在系統發生上的聯合。除了S蛋白，作者還發現其伙伴蛋白ORF3a的趨同進化。結果表明，SARS-CoV-2與SARSr-CoV之間具有很強的適應性趨同進化，可能促進它們對類似或相同受體的適應性。最后，作者指出，許多觀察到的蝙蝠SARS-like-CoVs與SARS-CoV-2和SARS-CoV的S蛋白的RBD序列存在趨同進化，可能預先適應人類宿主受體ACE2，因此將是潛在的新的冠狀病毒來源。

2020年3月17，復旦大學趙冰、張榮、林鑫華，中國醫學科學院基礎醫學研究所梁俊波合作在生物預印本平臺bioRxiv上發表研究成果“Recapitulation of SARS-CoV-2 Infection and Cholangiocyte Damage with Human Liver Organoids”，建立了人源類器官的SARS-COV-2感染模型，確定SARS-COV-2可以感染膽管細胞，并下調膽管組織中細胞緊密連接及膽汁酸轉運相關基因的表達，為新冠病毒細胞嗜性、致病機制研究和后續藥物研發提供重要工具，并提示膽管功能紊亂可能是部分新型冠狀病毒感染者肝臟損傷的誘因。在本項研究中，研究者應用人源肝臟類器官建立SARS-CoV-2感染模型，并研究其感染和損傷膽管組織的機制。人源類器官是由人體組織體外3D培養產生的，結構功能與體內組織器官高度相似的微型器官，可于體外模擬體內生理病理過程中的組織細胞行為。 研究者從臨床肝臟手術中分離獲取人膽管細胞，培育出可穩定傳代的肝臟膽管類器官，應用單細胞RNA測序(scRNA-seq)對類器官中膽管細胞進行了轉錄組分析，發現長期培養的肝臟膽管類器官保存了ACE2+的膽管細胞類群，而此細胞類群在小鼠肝臟膽管類器官中并未發現。提示人肝臟膽管類器官可以模擬ACE2介導的SARS-CoV-2感染。接下來，研究者檢測了類器官對SARS-CoV-2的易感性。研究者從上海一位COVID-19患者中分離并純化了SARS-CoV-2病毒，接種感染來不同個體的膽管類器官。感染24小時后對類器官進行免疫熒光染色發現，SARS-CoV-2的核衣殼蛋白（N protein）在部分類器官膽管細胞中呈陽性，而未感染對照組無信號，顯示病毒已經成功侵染并復制，受感染的膽管細胞還會經膜融合形成合胞體。對SARS-CoV-2基因組RNA的qRT-PCR分析顯示，在感染后24小時類器官內的病毒載量顯著增加。這些數據表明，人膽管上皮細胞是SARS-CoV-2的易感宿主，并可支持病毒的活躍復制，人源類器官可作為研究病毒嗜性和致病機制的工具。感染48小時后，類器官內的病毒載量明顯下降，提示SARS-CoV-2感染可能導致宿主細胞死亡或抗病毒反應的激活。研究者進而關注和檢測了病毒感染對類器官整體行為特性的影響。在體內穩態條件下，膽管的主要功能是將肝實質細胞分泌的膽汁酸轉運到膽管腔內排出。膽管細胞之間的緊密連接維持了膽管上皮的屏障功能，對膽汁酸的收集和排泄至關重要。研究者發現SARS-CoV-2感染降低了類器官中Claudin1的表達，提示膽管細胞的屏障功能可能被破壞。更重要的是，兩個主要的膽汁酸轉運蛋白，頂端鈉離子/膽汁酸轉運體(ASBT)和囊性纖維化跨膜電導調節(CFTR)的表達在SARS-CoV-2感染后顯著下調。這些數據支持SARS-CoV-2感染可以通過下調膽管細胞中緊密連接形成和膽汁酸運輸關鍵基因的表達水平，損傷膽管組織屏障和膽汁酸運輸功能。提出COVID-19患者肝內病毒感染誘發膽管功能紊亂和膽汁積淤，進而導致肝臟損傷的可能性。新型冠狀病毒（SARS-COV-2）感染和損傷肝臟中膽管上皮細胞

2020年3月14日，空軍軍醫大學陳志南，朱平及邊惠潔共同通訊在預印版平臺bioRxiv 在線發表未經同行評審的題為“SARS-CoV-2 invades host cells via a novel route: CD147-spike protein”的研究成果，該研究發現SARS-CoV-2通過CD147的新途徑侵入宿主細胞：S蛋白與宿主細胞上的受體CD147結合，從而介導病毒入侵。因此，針對侵襲SARS-CoV-2宿主細胞的新途徑CD147-S蛋白的發現為特定抗病毒藥物的開發提供了關鍵目標。   首先，體外抗病毒試驗表明，抗CD147人源化抗體Meplazumab可顯著抑制病毒入侵宿主細胞，EC50為24.86μg/ mL，IC50為15.16μg/ mL；其次，該研究ELISA也證實了這兩種蛋白的結合；最后，通過免疫電子顯微鏡觀察到SARS-CoV-2感染的Vero E6細胞中CD147和S蛋白的定位。因此，針對侵襲SARS-CoV-2宿主細胞的新途徑CD147-S蛋白的發現為特定抗病毒藥物的開發提供了關鍵目標。

2020年3月5日，蘇州大學在preprints網站上上傳了一篇題為 Susceptibility Analysis of COVID-19 in Smokers Based on ACE2的研究，在公共數據庫下載了三個數據集（GSE994、GSE17913和GSE18344）。利用相關性和分析對ACE2的功能進行評價。同時，分析了ACE2在三個數據集的不同組中的不同表達。結果表明，與ACE2相關的基因在病毒感染過程和免疫反應等重要生物過程中富集，且ACE2高表達于吸煙者的肺內氣道（GSE994）和口腔上皮細胞（GSE17913），非吸煙者則表達不高。在小鼠肺組織中觀察到吸煙和ACE2表達之間呈明顯的劑量和時間依賴關系，并且長時間不吸煙可顯著減少ACE2表達。該研究通過分析人和大鼠的ACE2表達情況，暗示吸煙可誘導呼吸道中ACE2增加，表明吸煙者可能對SARS-CoV-2的易感性較高。

2020年3月8日，安徽師范大學在bioRxiv上上傳了一篇題為Genome-widedata inferring the evolution and population demography of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) 的研究分析，作者使用10個新測序的SARS-CoV-2基因組，并結合GISAID數據庫中的136個基因組，通過不同的分析方法（如EBSP、錯配和中性檢測等）研究前三個月數據的遺傳變異和統計。 結果顯示80個單倍型共有183個突變位點，包括27個簡約性信息位點和156個單一位點。對遺傳多樣性的滑動窗口分析表明，SARS-CoV-2基因組豐度的變化有一定范圍，這可以解釋目前這種病毒的廣泛和高適應性。遺傳學分析不支持穿山甲是中間宿主。在最初的單倍型（H14）中，一個患者樣本居住在華南海鮮市場附近（約2公里），這表明患者有無意識接觸該市場史的可能性很高。然而，基于這個線索，也無法準確斷定這個市場是否是SARS-CoV-2的起源中心。此外，從這個市場收集的16個基因組，包含10個單倍型，表明市場在短期內出現循環感染，這可能導致武漢和其他地區爆發SARS-CoV-2。EBSP結果顯示，第一個估計的擴展日期從2019年12月7日開始，這表明SARS-CoV-2的傳染可能在11月中下旬開始。

項目成果/簡介:云南大學省部共建云南生物資源保護與利用國家重點實驗室張志剛團隊于2020年2月2日開始對之前發表的馬來穿山甲病毒組學數據(該數據由2019年3月24日無法救護成功的穿山甲肺的樣本獲取)（Liu et al. 2019, Viruses 11, 979）進行重新組裝和全面系統地分析，發現這批馬來穿山甲攜帶SARS-CoV-2相近的冠狀病毒（命名為Pangolin-CoV），其與SARS-C