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小試階段/n該項目開發(fā)了一種丙型肝炎病毒的DNA疫苗及其制備方法，屬于分子生物學(xué)和感染免疫領(lǐng)域。本發(fā)明的DNA疫苗是HCV-E2的第2個N-糖基化位點產(chǎn)生突變，即N423RT突變?yōu)镈423RT。在E2基因兩端引入CpG序列，并將突變的片段構(gòu)建到真核表達載體上即得到能產(chǎn)生E2突變體的DNA疫苗。本發(fā)明方法簡便，成本低，克服了糖基化蛋白質(zhì)在表達上的困難，制備的DNA疫苗可誘導(dǎo)產(chǎn)生比野生型HCV-E2更強的特異性細胞免疫和中和性抗體，特異性的殺傷性CD8+T活性增強，并能夠引起較強的IFN-γ、IL4釋放

在 S.pombe 中發(fā)現(xiàn)的一個全新pre-RC組分Sap1，它是pre-RC的裝配過程中不可或缺的一個蛋白: 與ORC一樣，Sap1在細胞生長周期中與DNA復(fù)制源結(jié)合，通過一系列的功能研究及X射線晶體學(xué)與NMR聯(lián)合的結(jié)構(gòu)功能研究表明，Sap1與通過其九個AT-鉤狀基序結(jié)合不對稱AT富序列的ORC不同，Sap1優(yōu)先結(jié)合5’-（A / T）nC / G（A / T）9-10G / C（A / T）n-3’，對于DNA起始復(fù)制源有一定的序列傾向性。 通過進一步的功能研究證明Sap1和ORC存在相互作用，ORC在招募Cdc18至DNA復(fù)制源時需要Sap1來完成pre-RC組裝，充分表明Sap1是直接參與pre-RC組裝的復(fù)制起始因子，本研究論文表明在S.pombe的DNA復(fù)制過程中，首先需要Sap1與ORC共同結(jié)合到DNA復(fù)制源上從而開啟DNA的起始復(fù)制過程。進一步的研究表明在人類的DNA復(fù)制過程中同樣存在Sap1功能類似的蛋白質(zhì)元件，相關(guān)工作正在進行中。

產(chǎn)品詳細介紹

上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院、微生物代謝國家重點實驗室吳更教授與武漢大學(xué)王連榮、陳實教授團隊合作，揭示了細菌DNA硫化修飾中催化第一步反應(yīng)的半胱氨酸脫硫酶發(fā)生構(gòu)象變化，使其活性位點半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移動5.5埃以發(fā)起攻擊的催化機制。最新研究成果以“Structural Analysis of an L-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System”為題發(fā)表在《mBio》雜志上。劉立瓊等為第一作者，吳更、王連榮為通訊作者，上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院、微生物代謝國家重點實驗室為第一單位。本文是團隊自2018年Nature Communications上發(fā)表的細菌采用SBD結(jié)構(gòu)域識別硫化修飾DNA的結(jié)構(gòu)機理及2020年Nature Microbiology上發(fā)表的II型DNA硫化修飾系統(tǒng)的SspB、SspE晶體結(jié)構(gòu)的延續(xù)和擴展。在細菌的DNA硫化修飾（不管是早先發(fā)現(xiàn)的Dnd修飾系統(tǒng)還是新近發(fā)現(xiàn)的Ssp修飾系統(tǒng)）途徑中，都由一個半胱氨酸脫硫酶催化第一步的反應(yīng)，即半胱氨酸脫硫酶的活性位點半胱氨酸對底物半胱氨酸上的硫原子發(fā)起親核攻擊反應(yīng)，將活化的硫原子轉(zhuǎn)移到半胱氨酸脫硫酶的活性位點半胱氨酸上，以進行后續(xù)的將硫原子加進DNA的反應(yīng)。2020年4月初團隊在Nature Microbiology上發(fā)表的文章“SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defense system with broad antiphage activities”，從探索海洋弧菌的高頻單鏈磷硫?；揎椚胧?，通過比較基因組學(xué)和分子遺傳學(xué)手段，鑒定出以SspABCD為修飾元、SspE為限制元的單鏈磷硫?；拗?修飾系統(tǒng)。該系統(tǒng)與之前發(fā)現(xiàn)的磷硫?；ㄒ訢ndABCDE為修飾元以產(chǎn)生雙鏈DNA磷硫?；ndFGH為限制元）的Dnd系統(tǒng)均迥然不同，并首次闡明了細菌磷硫?；拗?修飾系統(tǒng)賦予宿主抑制噬菌體入侵的能力。同時，通過結(jié)構(gòu)生物學(xué)和生物化學(xué)手段，解析了SspB蛋白的晶體結(jié)構(gòu)，揭示其兩個保守motif的關(guān)鍵殘基對其DNA缺刻酶活性非常重要；解析了SspE蛋白的晶體結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)其N端結(jié)構(gòu)域有依賴于DNA磷硫酰化修飾的NTP水解酶活性，而其C端結(jié)構(gòu)域有DNA缺刻酶活性，從而闡明了該系統(tǒng)DNA磷硫?；揎椗c限制兩部分功能耦合的分子機理。研究還發(fā)現(xiàn)SspABCD作為修飾蛋白在宿主基因組DNA上產(chǎn)生磷硫?；揎?，SspE作為限制元能夠感應(yīng)基因組DNA上的磷硫酰化修飾從而區(qū)別宿主自身與外源的遺傳物質(zhì)，并利用其核酸酶活性對入侵噬菌體的DNA進行大范圍的缺刻，從而抑制噬菌體DNA的復(fù)制。本研究解析了新發(fā)現(xiàn)的II型DNA硫化修飾系統(tǒng)中的半胱氨酸脫硫酶SspA（來源于弧菌）與底物半胱氨酸的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)，分辨率為1.8埃。結(jié)構(gòu)揭示SspA通過其天冬酰胺N150和精氨酸R340殘基來識別底物半胱氨酸，如果將這兩個殘基突變則會嚴(yán)重破壞細菌的DNA硫化修飾。在結(jié)構(gòu)中，SspA的活性位點半胱氨酸C314與底物半胱氨酸的距離長達8.9埃，這就產(chǎn)生了一個有趣的問題——SspA是怎么催化脫硫反應(yīng)的？通過計算機分子動力學(xué)模擬，作者發(fā)現(xiàn)SspA的活性位點半胱氨酸C314在催化過程中向底物半胱氨酸移動了5.5埃，從而把它們之間的距離縮短到便于發(fā)生反應(yīng)的范圍內(nèi)。本研究通過簡正模式分析，發(fā)現(xiàn)弧菌的SspA、大腸桿菌的IscS、鏈霉菌的DndA（這兩個都是I型DNA硫化修飾系統(tǒng)的）的活性位點半胱氨酸雖然處在不同的相對位置和不同的二級結(jié)構(gòu)上，但都有著向各自的底物半胱氨酸的運動。本研究進一步通過在上海光源BL19U2生物小角X射線散射（簡稱SAXS）線站收集的數(shù)據(jù)，從頭搭建了SspA在溶液中結(jié)構(gòu)的分子模型。發(fā)現(xiàn)SspA在溶液中的結(jié)構(gòu)與分子動力學(xué)模擬后SspA的結(jié)構(gòu)更為接近，它們之間的SAXS數(shù)據(jù)的χ2偏差只有1.04埃，遠低于從SspA的晶體結(jié)構(gòu)推算出的SAXS數(shù)據(jù)之間的χ2偏差3.70埃。這從實驗上證實了前述的計算機分子動力學(xué)模擬和簡正模式分析的結(jié)果。弧菌SspA的活性位點半胱氨酸在催化過程中，活性位點半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移動了5.5埃的距離（A）分子動力學(xué)模擬  （B）簡正模式分析  （C）小角X射線散射實驗數(shù)據(jù)與晶體結(jié)構(gòu)經(jīng)過分子動力學(xué)模擬后的結(jié)果和晶體結(jié)構(gòu)的比較  本研究通過X射線晶體結(jié)構(gòu)解析、分子動力學(xué)模擬、小角X射線散射等多種研究手段的結(jié)合，揭示了細菌DNA硫化修飾這一神奇現(xiàn)象中催化關(guān)鍵的第一步半胱氨酸底物脫硫反應(yīng)的酶的催化機理，解答了半胱氨酸脫硫酶家族是如何克服活性位點半胱氨酸與底物半胱氨酸之間很長的距離這一長期懸而未決的問題，使人們對于細菌DNA硫化修飾的認識和理解又前進了一步。該研究獲國家自然科學(xué)基金（31872627、31670106）的支持。????

1. 痛點問題 隨著信息化時代的發(fā)展，生活中的一切都在數(shù)字化，對信息存儲的要求也越來越高。據(jù)IBM統(tǒng)計，人類每天創(chuàng)造的數(shù)據(jù)已達到2.5百億億byte，大約相當(dāng)于5億部高清電影的下載?；ヂ?lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)中心（IDC）的研究顯示，到2020年數(shù)據(jù)總量（包括結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)和非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)）的年復(fù)合增長率達將達到42%，2010~2020十年間，世界上數(shù)據(jù)總量從1 ZB增長到50 ZB，共增長50倍。 面對巨大的數(shù)據(jù)量，傳統(tǒng)存儲介質(zhì)的存儲能力以及材料的消耗與信息存儲需求間將會面臨嚴(yán)重不平衡狀態(tài)。人類工廠生產(chǎn)的可存儲設(shè)備總存儲容量與數(shù)據(jù)產(chǎn)生總量間差距越來越大，到2020年幾乎達到兩倍的差距。根據(jù)目前硅基存儲的發(fā)展趨勢推測，可用于信息存儲的硅儲量將在2040年被完全耗盡。因此，尋找硅基存儲的替代物，開發(fā)高效穩(wěn)定低成本的新型存儲介質(zhì)，實現(xiàn)低成本，高效穩(wěn)定且長期的數(shù)據(jù)存儲是目前信息時代社會發(fā)展亟待解決的關(guān)鍵問題之一。 2. 解決方案 DNA在近年來被認為是一種未來具有巨大應(yīng)用前景的數(shù)字存儲介質(zhì)。首先，相比較于傳統(tǒng)存儲介質(zhì)，在數(shù)據(jù)保存壽命和存儲密度上都有著極大的優(yōu)勢。在自然界中，DNA長久以來作為是承載生物體遺傳信息的主要物質(zhì)，地球發(fā)現(xiàn)的最早古生物藍細菌，DNA作為其遺傳物質(zhì)已經(jīng)存在了幾十億年，且在極端條件下仍然可以保存。在存儲密度方面，DNA數(shù)字存儲理論上可以達到455 EB/克 （4.55 × 1011GB/克），大約 1018  bytes 或107 GB每mm3， 比傳統(tǒng)存儲介質(zhì)提高了5-6個數(shù)量級。其次，在數(shù)據(jù)維護與備份成本方面，DNA數(shù)字存儲所需要的占地，資源，能源均遠遠小于傳統(tǒng)存儲介質(zhì)。

XM-843 DNA結(jié)構(gòu)及復(fù)制模型 ? XM-843DNA結(jié)構(gòu)及復(fù)制模型顯示DNA的結(jié)構(gòu)及復(fù)制。 尺寸：放大，20.5×20.5×11cm 材質(zhì)：PVC材料

中試階段/n研究基于深度學(xué)習(xí)的視頻DNA技術(shù)，進行海量視頻近似拷貝搜索，面向千萬視頻庫的快速搜索技術(shù)，實現(xiàn)查重、檢索、敏感內(nèi)容過濾等。該項目廣泛應(yīng)用于視頻網(wǎng)站、新聞媒體、網(wǎng)絡(luò)資源、云數(shù)據(jù)中心、國家監(jiān)管部門、版權(quán)監(jiān)管部門等對媒體內(nèi)容的查重、檢索與過濾等，具有較好的市場前景。